No entanto, no tratamento homeopático esta relação médico-doente é especialmente importante. A Homeopatia é uma terapia individualizada, considera que cada indivíduo é único, tanto nas suas características, como nas condições de vida. Assim, todo este contexto deve ser levado em consideração quando terapêuticas são prescritas ou recomendadas. A terapia homeopática permite tratar o doente e não a doença, estando este no centro da abordagem. Desta forma, cada tratamento homeopático pode ser personalizado, mesmo ao nível sintomático.

Os medicamentos homeopáticos são prescritos ou aconselhados por profissionais de saúde, como médicos e farmacêuticos, que supervisionam o tratamento, garantindo a sua relevância e a segurança dos doentes. As soluções homeopáticas atuam na maioria das patologias comuns, abrangendo um grande leque de especialidades, como Otorrinolaringologia, Ginecologia, Pediatria, Dermatologia, etc. Entende-se, assim, o facto de não haver um modelo único na utilização destes medicamentos.

Assim, a relação médico-doente está no centro do tratamento homeopático, pois os doentes partilham os seus sintomas e o profissional de saúde, de acordo com o historial clínico e a sua sensibilidade, prescreve um tratamento adequado à situação em particular. Esta prescrição ou recomendação pode fazer frente a uma situação repentina e momentânea, tendo a duração de alguns dias, ou a uma situação recorrente, havendo uma adaptação da terapêutica para que seja mais longa. Em qualquer caso, através da relação médico-doente, tem-se sempre em conta a forma específica como cada doente reage à doença, havendo uma personalização das soluções.