A principal vantagem da TAC é que permite o estudo de "cortes" ou secções transversais do corpo humano vivo, ao contrário do que é dado pela radiologia convencional, que consiste na representação de todas as estruturas do corpo sobrepostas. É assim obtida uma imagem em que a percepção espacial é mais nítida.

Outra vantagem consiste na maior distinção entre dois tecidos. A TAC permite distinguir diferenças de densidade da ordem 0,5% entre tecidos, ao passo que na radiologia convencional este limiar situa-se nos 5%. Desta forma, é possível a detecção ou o estudo de anomalias que não seriam visualizadas em radiografias comuns, ou através de métodos invasivos, sendo assim um exame complementar de diagnóstico de grande valor.

Uma das principais desvantagens da TAC é devida ao fato de utilizar radiação X. A principal característica deste tipo de radiação é que é ionizante, ou seja, tem a capacidade de arrancar electrões dos átomos por onde passa. Este tem um efeito negativo sobre o corpo humano, sobretudo pela capacidade de causar mutações genéticas, visível sobretudo em células que se multiplicam rapidamente. Embora o risco de se desenvolverem anomalias seja muito baixo, é de extrema importância que as exposições médicas à radiação ionizante sejam controladas de forma adequada dentro do princípio de ALARA e das normas de protecção radiológica.

Este exame tem-se tornado, com o passar dos anos, um dos principais métodos de diagnóstico por imagem para avaliação de estruturas anatómicas.