De acordo com a explicação da execução orçamental de dezembro de 2016, a variação positiva da receita resultou principalmente do acréscimo de transferências correntes. Miguel Santos, vice-presidente do grupo parlamentar do PSD, afirma que "é preciso ver o que está por trás dos números" e que 2015 agravou-se em dezembro, no primeiro mês de gestão do atual governo.

Segundo a Execução Orçamental a variação positiva da receita registada em dezembro, em relação ao mês anterior, resultou principalmente de transferências vindas do Orçamento de Estado, referindo 301 milhões de euros, a que se somam as receitas das vendas de bens e serviços correntes. Do lado da despesa, o aumento deveu-se a custos com a reposição de vencimentos e mais profissionais no Serviço Nacional de Saúde (SNS). Também subiram os encargos com exames, atenuado com a redução dos encargos com as parcerias público-privada.

No Parlamento, em janeiro, o ministro da Saúde, Adalberto Campos Fernandes, reafirmou que ia "ter o melhor saldo do SNS desde sempre. Nós não nos engamos 12 vezes, não passamos de 30 milhões de euros para menos 372 milhões de euros". Comparando com dados até 2010, à exceção de 2012 e 2013 em que o SNS fechou com saldo positivo - houve uma transferência de verbas para pagamento de dívidas em atraso superior a mil milhões de euros - este é para já o melhor défice.

Contudo, também é possível perceber na análise das execuções orçamentais que os valores são revistos a cada ano, resultando em melhorias ou agravamentos. Alguns substanciais como o de 2015, primeiro com um défice de 259 milhões de euros que passou a ser de 371 milhões.

O Diário de Notícias questionou o Ministério da Saúde sobre os valores conseguidos em 2016 , mas não obteve respostas.

No final de setembro, o ministério publicou um despacho que determinava que as administrações hospitalares pedissem autorização antes de assumirem compromissos financeiros. Manuel Delgado, secretário de Estado da Saúde, explicou então que o objetivo era evitar aceleramentos e derrapagens da despesa no final do ano.

Miguel Santos, vice-presidente do grupo parlamentar do PSD e membro da Comissão Parlamentar de Saúde, não questiona o saldo do SNS de 2016, mas afirma que "é preciso interpretar os dados e o que está por trás dos números". "O saldo de 2015 agravou-se durante dezembro, o primeiro mês de governação deste governo. Uma das primeiras decisões que tomaram foi antecipar para dezembro custos de 2016 e que diziam respeito ao medicamento inovador da hepatite C e por outro lado, havia receita que devia ter sido registada em dezembro e só foi registada em fevereiro de 2016, notas de crédito da indústria farmacêutica. Isso permitiu uma almofada para 2016 e mesmo assim, chegaram ao final do ano com um défice superior a 400 milhões de euros. Em dezembro receberam uma receita extraordinária das finanças de 200 milhões de euros e por isso o governo apresenta um resultado final de menos 199 milhões."

Miguel Santos acredita que este ano não trará melhores resultados. Pelo contrário: "Acho que há divida assumida que irá aparecer em 2017 e que se chegará ao final do ano com um défice de 400 milhões. O ministro prometeu que terminava 2016 com um número recorde de inovadores aprovados. Cumpriu, mas foram todos aprovados em dezembro. Agora vem a fatura. Isto é uma bola de neve e não sei se o governo tem noção do impacto financeiro que vai ter", aponta o deputado do PSD.

O economista da saúde Pedro Pita Barros considera que "no caso do SNS, a lógica de olhar para o saldo financeiro é pouco relevante". "Os objetivos do SNS são definidos em termos assistenciais e as decisões são de como cumprir esses objetivos dadas as limitações financeiras que são fixadas. Assim, o défice financeiro deve ser visto não como uma medida de desempenho e sim como um indicador sobre a qualidade da gestão micro e macro. Tem-se um problema de gestão micro se o orçamento global do SNS for à partida adequado para os objetivos traçados e acabar por se gastar mais. Tem-se um problema de gestão macro quando se sabe à partida que a verba para o SNS é incompatível com os objetivos que lhe são traçados", explica.