Embora normalmente estejam presentes no nariz e na pele de 20 % a 30 % dos adultos sãos e, menos frequentemente, na boca, glândulas mamárias, aparelhos geniturinário e intestinal e vias aéreas superiores, os estafilococos não costumam ser prejudiciais. No entanto, a ruptura da pele ou qualquer outra lesão podem permitir que as bactérias atravessem as defesas do organismo e causem uma infecção.

Os indivíduos propensos às infecções estafilocócicas são os recém-nascidos, as mulheres em período de lactação, as pessoas com doenças crónicas (especialmente afecções pulmonares, diabetes e cancro), as que apresentam afecções cutâneas e incisões cirúrgicas e aquelas cujos sistemas imunológicos estão inibidos pelo uso de corticosteróides, radioterapia, fármacos imunossupressores e medicações anticancerosas.

Sintomas
Os estafilococos podem infectar qualquer parte do corpo e os sintomas dependem da localização da infecção. Ela pode ser ligeira ou chegar a pôr a vida em perigo. Em geral, as infecções estafilocócicas produzem cavidades cheias de pus, como os abcessos e os furúnculos (furúnculos e antrazes). Os estafilococos podem circular através do sangue e formar abcessos em órgãos internos, como os pulmões, bem como infecções nos ossos (osteomielite) e no revestimento interno do coração e das suas válvulas (endocardite).
Os estafilococos tendem a infectar a pele. Os abcessos estafilocócicos da pele manifestam-se como saliências quentes cheias de pus, localizadas por baixo da superfície cutânea. Em geral rebentam como o faria uma espinha de considerável volume e o pus espalha-se sobre a pele, daí poderem verificar-se mais infecções se não se limpar de imediato. Os estafilococos podem também causar celulite, uma infecção que se propaga por baixo da pele. Geralmente também podem formar furúnculos. Duas infecções cutâneas estafilocócicas particularmente graves são a necrólise epidérmica tóxica e a síndroma da pele escaldada ,processos em que a pele pode descamar-se em largas superfícies.

Os recém-nascidos podem ter infecções estafilocócicas cutâneas, geralmente nas suas 6 primeiras semanas de vida. O sintoma mais frequente é a presença de grandes bolhas cheias de um líquido claro ou pus localizadas na axila, na virilha e nas pregas do pescoço. As infecções estafilocócicas mais graves podem formar numerosos abcessos cutâneos, separação de grandes superfícies de pele, infecção do sangue e das membranas que revestem o cérebro e a espinal medula (meningite) e pneumonia.

As mães no período da lactação podem apresentar infecções estafilocócicas nos seios (mastite) e abcessos entre uma e quatro semanas após o parto. Estas infecções costumam ser contraídas pelos bebés nas salas de neonatalogia dos hospitais e depois transmitidas ao seio da mãe quando mamam.

A pneumonia estafilocócica é uma infecção grave. Os indivíduos com doenças pulmonares crónicas (como a bronquite crónica e o enfisema) e os que têm gripe estão particularmente expostos. Costuma provocar febre muito alta e sintomas pulmonares intensos, como dificuldade em respirar, respiração acelerada e uma tosse com produção de escarros que podem estar tingidos de sangue. Nos recém-nascidos e por vezes nos adultos, a pneumonia estafilocócica pode causar abcessos pulmonares e uma infecção da pleura (as membranas que envolvem os pulmões). Essa infecção, chamada empiema pleural, agrava as dificuldades respiratórias causadas pela pneumonia.

Apesar de uma infecção estafilocócica do sangue (bacteriemia estafilocócica) se poder desenvolver a partir de uma infecção estafilocócica localizada noutra parte do corpo, ela costuma provir habitualmente de algum elemento infectado introduzido numa veia, como, por exemplo, um cateter, o que faculta aos estafilococos um acesso directo à corrente sanguínea. A bacteriemia estafilocócica é uma causa frequente de morte nas pessoas com queimaduras graves. Em geral, surge febre alta e persistente e, em certos casos, choque.

Os estafilococos presentes na corrente sanguínea podem causar uma infecção no revestimento interno do coração e das suas válvulas (endocardite) , especialmente entre aqueles que se injectam com drogas. Esta situação pode lesar rapidamente as válvulas, provocando insuficiência cardíaca e morte.

As infecções ósseas (osteomielite) afectam predominantemente as crianças, apesar de também afectarem os idosos, em particular os possuidores de úlceras cutâneas profundas (escaras por pressão). Essas infecções podem provocar arrepios, febre e dores nos ossos. Nos tecidos em cima do osso infectado surge tumefacção e vermelhidão e pode acumular-se líquido nas articulações próximas das áreas invadidas pelas bactérias. O local afectado pela infecção pode doer e, geralmente, há febre. Em certos casos as radiografias e outros estudos radiológicos podem identificar a zona infectada, mas, em regra, não são úteis para estabelecer um diagnóstico precoce.

Uma infecção estafilocócica do intestino costuma provocar febre, bem como edema e distensão abdominal, devido a uma suspensão temporária dos movimentos contrácteis normais do intestino (íleo), e diarreia. A infecção é mais frequente entre os doentes hospitalizados, em especial nos que foram submetidos a cirurgia abdominal ou que tenham recebido um tratamento com antibióticos.

A cirurgia aumenta o risco de infecção estafilocócica. A infecção pode produzir abcessos nos pontos de sutura ou então causar uma destruição extensa do local da incisão. Estas infecções costumam aparecer entre alguns dias e algumas semanas depois de uma operação, mas podem desenvolver-se mais lentamente se o doente tiver recebido antibióticos no momento da cirurgia. Uma infecção estafilocócica no pós-operatório pode tender a piorar e constituir a chamada síndroma do choque tóxico.