A estomatologia em Portugal é um campo de actuação por dois profissionais distintos: Médicos Estomatologistas e Médicos Dentistas. Os Médicos estomatologistas são profissionais licenciados em Medicina que se especializam posteriormente em Estomatologia, exercendo em hospitais públicos/privados e clínicas. Os Médicos Dentistas são profissionais licenciados em Medicina Dentária e exercem quase exclusivamente em clínicas, sendo esta licenciatura algo recente no panorama português, ao passo que há uma tendência de menor formação de Médicos Estomatologistas.

Ambos têm formação para identificar, diagnosticar e tratar todas as patologias orais e maxilares, bem como as estruturas anexas a estas, quer de forma médica ou cirúrgica. A grande diferença reside na sua classificação profissional - Os Médicos Estomatologistas estão contemplados na carreira médica hospitalar, enquanto os Médicos Dentistas não têm, actualmente, qualquer carreira associada. No entanto, isto apenas se verifica em Portugal Continental, pois nos Açores os Médicos Dentistas exercem funções em centros de saúde e na Madeira estão contratualizados.

Em Portugal, as sub-especialidades estomatológicas ainda não estão completamente definidas. A Ordem dos Médicos Dentistas tem duas especialidades reconhecidas: Cirurgia Oral e Ortodontia.