Quando se introduz um endoscópio através da boca, este permite examinar o esófago (esofagoscopia), o estômago (gastroscopia) e o intestino delgado (endoscopia gastrointestinal alta). Quando se passa através do ânus, ele permite examinar o recto e a porção inferior do intestino grosso (sigmoidoscopia) ou a totalidade do intestino grosso (colonoscopia).

Com um endoscópio pode obter-se uma boa visão do interior do aparelho digestivo e recolher amostras para exames. O diâmetro dos endoscópios varia entre 0,5cm e 1,30cm e o seu comprimento entre 30cm e 1,5m.

As complicações da endoscopia são relativamente raras.