No âmbito da vigilância genómica que o INSA está a coordenar, entre 2 e 15 de junho, “foram obtidas 1087 sequências da amostragem nacional de junho de 2021”. Segundo o INSA, esta amostragem envolveu laboratórios distribuídos pelos 18 distritos de Portugal continental e pelas Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira, abrangendo um total de 131 concelhos.

Segundo esta análise, a variante Alpha (B.1.1.7), associada inicialmente ao Reino Unido, “foi detetada por sequenciação com uma frequência relativa de 40.2% na amostragem nacional de junho, evidenciando um forte decréscimo de frequência a nível nacional”. No entanto, esta variante continua a ser a mais prevalente na região Norte (62.7%) e nas Regiões Autónomas dos Açores (96.8%) e Madeira (69.8%).

Em contraste, a variante Delta (B.1.617.2), associada inicialmente à Índia, apresentou uma subida galopante na frequência relativa a nível nacional, a qual aumentou de 4.0% (maio) para 55.6% (junho). No entanto, destaca o INSA, a “sua distribuição é ainda muito heterogénea entre regiões, variando entre 3.2% (Açores) e 94.5% (Alentejo)”.  Contudo, tendo conta a tendência observada entre maio e junho, “é expectável que esta variante se torne dominante em todo território nacional durante as próximas semanas”.

Do total de sequências da variante Delta analisadas até à data, 46 apresentam a mutação adicional K417N na proteína Spike. No entanto, cerca de 50% destes casos restringem-se a apenas duas cadeias de transmissão de âmbito local, sugerindo que a sua circulação comunitária é ainda limitada, sendo a frequência relativa deste perfil (Delta+K417N) na amostragem nacional de junho de 2.3%.

O relatório do INSA dá ainda conta de que a frequência relativa das variantes Beta (B.1.351) e Gamma (P.1) mantém-se baixa, sem tendência crescente nas últimas amostragens. Em particular, destaca-se que a variante Beta foi detetada a uma frequência de 0.1% e em apenas duas regiões (Lisboa e Vale do Tejo e Região Autónoma da Madeira).