O aparelho reprodutor masculino é composto por dois grupos de órgãos, os internos (a maioria deles) e os externos.

Órgãos internos
Os órgãos genitais internos fundamentais são os testículos, as gónadas masculinas onde são formados os espermatozóides. Para além disso, os testículos elaboram testosterona, a principal hormona sexual masculina, cujos efeitos se fazem sentir em todo o organismo, nomeadamente o desenvolvimento dos caracteres sexuais secundários que distinguem os homens das mulheres. São igualmente importantes outros órgãos genitais internos encarregues do transporte dos espermatozóides dos testículos para o exterior do corpo: os epidídimos e os canais deferentes. Estes últimos desaguam, através dos canais ejaculadores, na uretra, o canal que liga a bexiga ao exterior e que, para além de possibilitar a saída do sémen com a ejaculação, permite a saída da urina. Por outro lado, os órgãos genitais internos são igualmente constituídos pelas vesículas seminais e pela próstata, as glândulas que se encarregam da elaboração do líquido seminal, proporcionando aos espermatozóides os elementos nutritivos de que necessitam ao longo do seu percurso no aparelho reprodutor feminino até alcançarem os óvulos que devem ser fecundados.

Órgãos externos
Em relação aos órgãos genitais externos, o mais importante é o pénis, o órgão através do qual a uretra passa e que participa na cópula com a função de introduzir o sémen na vagina da mulher. Pertencem igualmente a este grupo o escroto, que é a bolsa cutânea onde residem os testículos.

Testículos
São dois órgãos glandulares de forma oval, com um eixo que pode ultrapassar os 4 a 5 cm de comprimento no adulto, localizados simetricamente na parte inferior do tronco, no interior do escroto. Apesar de no feto se desenvolverem na cavidade abdominal, próximo dos rins, ao longo do desenvolvimento fetal vão descendo pelo canal inguinal até alcançarem a sua localização anatómica normal, no exterior da cavidade abdominal.

Os testículos têm duas funções: produzir espermatozóides e sintetizar testosterona (a principal hormona sexual masculina). O epidídimo, que está apoiado nos testículos, é um tubo em forma de espiral, que recolhe os espermatozóides dos testículos e que constitui o lugar e o ambiente adequado para que estes amadureçam.

Epidídimos
Os epidídimos são dois pequenos órgãos tubulares compridos, localizados sobre a parte superior e posterior do correspondente testículo, onde os espermatozóides amadurecem antes de prosseguirem o seu trajecto até ao exterior. Cada epidídimo, composto por uma membrana constituída por um sistema de canais, encontra-se dividido em três partes: a cabeça, o corpo e o colo.

A cabeça, situada no pólo superior do testículo, é constituída por uma série de canais que representam a continuação dos canais eferentes, cuja união proporciona a formação de um único canal dobrado sobre si mesmo que atravessa o corpo do epidídimo, de modo a evidenciar-se no colo, situado no pólo inferior do testículo, para finalmente desaguar no canal deferente correspondente.

Canais deferentes
Os canais deferentes são canais semelhantes a um cordão que sai do epidídimo e transporta os espermatozóides. Estes canais vão desde cada testículo até à parte posterior da próstata e entram na uretra, onde formam os canais ejaculadores. Outras estruturas, como os vasos sanguíneos e os nervos, acompanham cada canal deferente e juntos formam uma estrutura semelhante a um cordão: o cordão espermático.

Vesículas seminais e canais ejaculadores
As vesículas seminais são duas pequenas estruturas ocas, situadas por cima da próstata. A sua missão é a produção de uma secreção espessa de cor amarela pertencente ao líquido seminal que contém os espermatozóides e lhes proporciona as substâncias nutritivas.

Cada vesícula seminal termina num tubo de drenagem, cuja união com a extremidade da ampola do canal deferente desse lado proporciona a formação de uma estrutura tubular comum, denominado canal ejaculador. Os dois canais ejaculadores atravessam a próstata e desaguam na uretra, para onde transportam os espermatozóides e o líquido seminal no momento da ejaculação.

A uretra desempenha uma dupla função no homem. Este canal é a porção do tracto urinário que transporta urina desde a bexiga e, ao mesmo tempo, constitui a parte do aparelho reprodutor através da qual é ejaculado o sémen.

Próstata
Embora, em geral, tenha o tamanho de uma noz, esta glândula cresce com o passar dos anos. Localiza-se precisamente por baixo da bexiga, na pelve e contorna a porção média da uretra. Trata-se essencialmente de um órgão glandular, constituído por inúmeras estruturas tubulares ocas interiormente revestidas por células que se encarregam da produção de um líquido pertencente à constituição do sémen, com elementos nutritivos para os espermatozóides. Este líquido fornece a maior parte do volume de sémen, a secreção na qual são expulsos os espermatozóides durante a ejaculação.

Pénis
O pénis é um órgão cilíndrico situado na parte inferior do tronco, cujo interior é atravessado pela uretra, com a especial capacidade para alterar significativamente as suas dimensões e consistência quando entra em estado de erecção, condição indispensável para a cópula. É possível distinguir três porções no órgão: a raiz, através da qual se encontra fixo ao tronco; o corpo, que corresponde à sua parte central; e uma extremidade de forma arredondada denominada glande, em cuja ponta se encontra a abertura da uretra para o exterior.

O interior do pénis encontra-se essencialmente ocupado por três corpos cilíndricos constituídos por um tecido eréctil específico, composto por inúmeros septos de fibras conjuntivas e musculares que separam a maioria das reduzidas cavidades unidas entre si e que, em determinadas condições (por exemplo, em resposta a um estímulo sexual), se enchem de sangue, proporcionando o aumento do seu tamanho e consistência - o fenómeno da erecção tem precisamente este mecanismo como base. Duas destas estruturas são os corpos cavernosos, que são simétricos e se encontram paralelos um ao outro, na parte superior do corpo do pénis. O terceiro é o corpo esponjoso, situado numa posição central por baixo das anteriores e atravessado longitudinalmente pela uretra, cuja extremidade se dilata para ocupar todo o interior da glande.

Tanto a raiz como o corpo do pénis encontram-se revestidos por pele, ligada de um lado à do tronco e, do outro lado, à do escroto. A superfície da glande encontra-se revestida por uma delicada mucosa, cujas células, ao contrário das cutâneas, não produzem queratina. Para além disso, o limite entre o corpo do pénis e a glande evidencia um manto de pele, denominado prepúcio, que reveste toda a extremidade do pénis e pode retrair-se, quer seja através de uma oportuna manobra manual ou de forma espontânea no momento da erecção. Entre o prepúcio e a glande existe uma pequena fenda, o sulco balanoprepucial, onde existem abundantes glândulas secretoras que elaboram uma substância esbranquiçada denominada esmegma.

Escroto
O escroto é uma espécie de bolsa suspensa na raiz do pénis, na qual se encontram os testículos. Esta situação é mais adequada para os testículos do que se permanecessem no interior da cavidade abdominal, já que a temperatura no interior do escroto é inferior à existente no interior do organismo, sendo por isso ideal para a formação dos espermatozóides.

A parede do escroto é constituída por várias camadas. A mais externa corresponde a uma camada de pele fina e enrugada, com sulcos mais ou menos profundos e ligeiramente pigmentada, revestida de pelos no indivíduo adulto. A camada da parte central do escroto apresenta um prolongamento semelhante a um septo fibroso, que divide a bolsa em duas metades, no interior das quais se encontra cada um dos testículos.

A camada subcutânea, por baixo da pele, é constituída por inúmeras fibras musculares que formam o músculo dartos, cujo grau de contracção ou relaxamento altera a profundidade dos sulcos cutâneos, de modo a controlar a temperatura a que se encontram expostos os testículos. Debaixo da camada anterior, encontra-se o músculo cremáster, formado por prolongamentos dos músculos abdominais e cuja contracção determina uma subida do testículo.