A grande maioria dos fungos existe no meio ambiente, sendo que apenas uma pequena quantidade parasita em animais e vegetais, incluindo a espécie humana. As infecções fúngicas podem ter origem hospitalar ou na comunidade. Geralmente a infecção ocorre quando existe um desequilíbrio entre o microrganismo e os mecanismos de defesas dos indivíduos.

O tratamento das infecções fúngicas varia consoante o fungo (causador da infecção), a gravidade da infecção e o órgão afectado. 

Infecções fúngicas da pele

Uma infecção fúngica cutânea é, habitualmente, tratada com um creme, um pó ou um spray para tratar a área afectada. Só em casos mais graves, ou nas onicomicoses, é que o tratamento deverá ser oral. Estão disponíveis no mercado vários medicamentos que devem ser tomados apenas por indicação do especialista ou farmacêutico. A opção da terapêutica oral tem maior consistência se o doente apresentar uma infecção fúngica no couro cabeludo ou na barba, por exemplo. O tratamento completo pode demorar dois ou três meses.

Para além disso, são recomendáveis hábitos de higiene que incluem a lavagem cuidadosa da zona afectada com um sabonete desinfectante e a utilização de toalhas separadas, a fim de evitar a contaminação de outros membros da família. 

Infecções fúngicas da mucosa oral e do esófago

As infecções fúngicas da mucosa oral e do esófago têm sempre que ser acompanhadas e tratadas por um médico. Qualquer terapêutica medicamentosa para este tipo de infecção só pode ser vendida com receita médica. Por exemplo, a medicação para os bebés com aftas é diferente da que é recomendada para os adultos.

Os adultos com infecções fúngicas da mucosa oral e/ou do esófago são, na maioria das vezes, tratadas com medicação que pode ser facilmente ingerida e que actua de dentro para fora. Os anti-fúngicos também podem ser administrados numa solução de gargarejo. 

Infecções dos órgãos internos

As infecções por Aspergillus (e outros fungos) podem ser fatais para as pessoas que, por diferentes razões, incluindo qualquer tratamento com quimioterapia ou uma grande cirurgia, estão com a sua saúde debilitada. Para tratar estas infecções podem ser utilizados fármacos injectáveis, embora estes nem sempre sejam eficazes.

Como os fungos invasivos nem sempre penetram no organismo através dos pulmões, há que tomar sempre algumas medidas preventivas para impedir a inalação dos esporos fúngicos. Por exemplo, as máscaras podem proteger os operários envolvidos na construção ou demolição de edifícios contra a poeira e os esporos fúngicos. Também os filtros de ar protegem os trabalhadores das empresas onde os esporos fúngicos são abundantes.

Por outro lado, há uma razão que justifica porque não são admitidas flores e plantas nas unidades de cuidados intensivos. É que as flores, a água (suja) e o fertilizante podem conter todo o tipo de germes, incluindo esporos fúngicos. É igualmente uma medida preventiva: não levar flores e plantas para os hospitais, nomeadamente para os cuidados intensivos. 

Infecções fúngicas vaginais

As infecções fúngicas vaginais podem ser tratadas com medicamentos anti-fúngicos que são inseridos directamente na vagina sob a forma de cremes, pomadas ou óvulos.

Pode igualmente ser utilizada uma dose única administrado por via oral, embora este tratamento não seja recomendado durante a gravidez.

O tratamento dos parceiros sexuais geralmente não é necessário, uma vez que a maior parte das infecções vaginais por fungos não são sexualmente transmitidas. No entanto, se um parceiro do sexo masculino apresentar sintomas de balanite candidiásica (vermelhidão, irritação e/ou prurido na extremidade do pénis), esta situação pode necessitar de ser tratada com um creme ou pomada anti-fúngica.

Embora muitos medicamentos utilizados para tratar as infecções fúngicas vaginais se encontrem actualmente disponíveis sem necessidade de prescrição médica, a mulher deve usar estes medicamentos apenas para tratar as infecções repetidas, não para o primeiro episódio. Ou seja, qualquer mulher que apresente sintomas de infecção vaginal pela primeira vez deve consultar o médico, para confirmar que o corrimento e o desconforto vaginal são causados por fungos e não por infecções sexualmente transmitidas, tais como a gonorreia, a infecção por Chlamydia ou a tricomoníase.

Cerca de 5 por cento das mulheres com infecções fúngicas vaginais desenvolvem uma candidíase vulvovaginal recorrente, que é definida por quatro ou mais infecções fúngicas vaginais num período de um ano. Embora a candidíase vulvovaginal recorrente seja mais comum nas mulheres com diabetes ou sistema imunitário deficiente, a maior parte das mulheres com esta situação não apresenta uma doença médica subjacente que a predisponha para as infecções recorrentes a Candida.

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