Vacina contra a tuberculose (BCG)
Administra-se sob a pele do braço (intra-dérmica) e, embora não seja muito eficaz na prevenção da tuberculose pulmonar, é muito eficaz na prevenção de tuberculoses disseminadas por outros órgãos (que são as mais graves), tendo também efeito na prevenção da lepra, de alguns cancros e leucemias.

Vacina contra a hepatite B (VAHB)
Administra-se no ombro (intra-muscular) e é muito eficaz na prevenção desta doença, que tem vindo a aumentar em todo o Mundo, sobretudo após a adolescência, devido à promiscuidade sexual, à toxicomania, etc.

Vacinas contra a difteria, o tétano e a tosse convulsa (DTP/DT/Td/VAT)
Para estas doenças existem vacinas trivalentes (com os 3 componentes - DTP), bivalentes (com dois componentes, por exemplo difteria e tétano - DT ou Td) e monovalentes (com um componente, por exemplo tétano - VAT). Estas vacinas são administradas no braço ou na coxa (intra-muscular) e permitem evitar aquelas doenças ou, pelo menos, diminuir a gravidade dos seus sintomas e complicações.

A difteria é uma doença muito contagiosa e grave, por vezes mortal; é mais frequente em crianças e afecta primeiro a garganta e o nariz, depois o coração e o sistema nervoso.

A tosse convulsa (coqueluche ou pertussis) é uma doença essencialmente infantil que se manifesta através de acessos de tosse constantes e muito intensos; embora seja menos grave que a anterior também pode ser mortal, sobretudo quando contraída por crianças debilitadas, por exemplo, crianças com má nutrição.

O tétano é outra doença muito grave, frequentemente mortal, que pode atingir qualquer pessoa em qualquer idade. Como os recém-nascidos também podem ser infectados, todas as mulheres grávidas devem estar correctamente vacinadas contra esta doença.

Vacina contra as doenças provocadas pelo Haemophilus influenzae serotipo b (Hib)
Deve ser administrada na coxa (intra-muscular), e permite evitar algumas meningites, pneumonias, otites e doenças graves da garganta, especialmente nas crianças.

Vacina contra as doenças provocadas pela Neisseria meningitidis serotipo C (MenC)
Permite evitar infecções pelo meningococo C. Deve ser administrada na coxa, por via intra-muscular.

Vacina contra a poliomielite (VAP/VIP)
É uma vacina muito eficaz e pode contribuir para a erradicação/desaparecimento da doença. A poliomielite, ou "paralisia infantil", era muito frequente e provocava, principalmente nas crianças, paralisia dos membros inferiores, podendo, nos casos mais graves originar a morte por paralisia dos músculos respiratórios.

Vacina contra o sarampo, a papeira e a rubéola (VASPR/VAR/VAS)
Para estas doenças existem vacinas trivalentes (contra os 3 vírus - VASPR), bivalentes (por exemplo, contra o sarampo e a rubéola - VASR) e monovalentes (por exemplo, contra o sarampo - VAS). No PNV administra-se a vacina trivalente, ou tríplice (VASPR - vacina conjunta contra as 3 doenças), que é aplicada no braço, numa só injecção subcutânea. É uma vacina muito eficaz e importante para o controlo e erradicação das doenças alvo, permitindo também reduzir a gravidade dos seus sintomas e complicações.

O sarampo pode originar pneumonias graves, por vezes mortais, nas crianças mais pequenas, bem como doenças neurológicas graves e mortais em adolescentes e adultos.

A papeira ou parotidite epidémica pode originar meningites, causar doenças dos testículos nos rapazes, e doenças dos ovários nas raparigas.

A rubéola pode causar defeitos congénitos graves nos recém-nascidos de mães não vacinadas (infectadas durante a gravidez).

Em Janeiro de 2006 foi incluída no PNV uma vacina contra a doença invasiva por Neisseria meningitidis do serogrupo C − Meningite C (MenC). A vacina oral contra a poliomielite (vírus vivo atenuado) foi substituída pela vacina injectável (vírus inactivado). A vacina de "célula completa" contra a tosse convulsa (DTP) foi substituída pela vacina "acelular" (DTPa), que origina menos efeitos colaterais.

O novo PNV inclui ainda duas vacinas tetravalentes (DTPaHib e DTPaVIP) e uma vacina pentavalente (DTPaHibVIP), que permitem reduzir o número total de inoculações ("injecções"). Além de protegerem contra doenças como a difteria, o tétano e a tosse convulsa, a vacina DTPaHib confere imunidade contra o Haemophilus influenzae b, e a vacina DTPaVIP previne a poliomielite; a vacina DTPaHibVIP confere imunidade contra as cinco doenças acabadas de referir.

Em Setembro de 2008 foi incluída no PNV uma vacina contra infecções pelo Vírus do Papiloma Humano (VPH). Esta vacina é dada a raparigas a partir dos 13 anos de idade.

Fora do âmbito da gratuitidade do PNV existem outras vacinas disponíveis em Portugal. Recomenda-se a administração da vacina contra a gripe − virus Influenzae − a determinados grupos de risco (por exemplo, idosos e crianças com problemas respiratórios crónicos); a aplicação desta vacina deve ser anual, nos meses de Setembro ou Outubro (início do Outono).

Todas as vacinas mencionadas têm muito poucas contra-indicações, podendo ser administradas durante tratamentos com antibióticos ou durante períodos de doença ligeira, como por exemplo constipações, más disposições, diarreia ou febre inferior a 38,5ºC.