Esta tiroidite auto-imune é o tipo mais frequente e a causa mais habitual de hipotiroidismo. Por razões desconhecidas, o organismo vira-se contra si mesmo numa reacção auto-imune e cria anticorpos que atacam a glândula tiróide. Este tipo de tiroidite é mais frequente nas mulheres idosas e é habitual em famílias com antecedentes da doença. O mal é 8 vezes mais frequente nas mulheres do que nos homens e tem uma incidência mais alta em pessoas com certas anomalias cromossómicas, como as síndromas de Turner, Down e Klinefelter.
A tiroidite de Hashimoto começa muitas vezes com um aumento indolor do tamanho da glândula tiróide ou com uma sensação de plenitude no pescoço. Quando se palpa a glândula, em geral esta encontra-se aumentada, com uma textura gomosa (tipo cauchu), mas não mole, e por vezes tem uma textura granulosa. Quando se descobre a tiroidite, a glândula tiróide está hipofuncionante em aproximadamente 20 por cento dos doentes; o resto tem um funcionamento normal. Alguns doentes que sofrem de tiroidite de Hashimoto apresentam outras perturbações endócrinas, como diabetes, insuficiência das glândulas supra-renais, hipoparatiroidismo ou outras doenças auto-imunes (anemia perniciosa, artrite reumatóide, síndroma de Sjögren ou lúpus eritematoso sistémico).