A amigdalite aparece geralmente como parte de uma infecção generalizada da faringe (garganta), e os sintomas mais comuns são dores de garganta, dificuldade na deglutição, febre, perda de apetite e arrepios. Os gânglios do pescoço podem aparecer inflamados e sensíveis. Nas crianças mais pequenas pode não haver queixas a nível de garganta e os sintomas serem apenas perda de apetite, febre ligeira e diminuição da actividade normal.

Pode ser devida a uma infecção por vírus ou por bactérias, sendo os sintomas geralmente semelhantes. A importância em saber a origem da infecção está no tratamento a ser adoptado.

O período de incubação, tempo que decorre entre o contágio e o aparecimento da doença, é em média de 7 dias nas amigdalites bacterianas por estreptococos. Nos casos de amigdalites virais esse período é muito variável, dependendo do tipo de vírus, e pode ir de 18 horas (no influenza) até 8 semanas (Epstein-Barr). No caso dos vírus a doença pode demorar 2 a 5 dias, dependendo do tipo, estando a maioria das pessoas totalmente recuperadas ao fim de uma semana a 10 dias. Se a infecção for devida ao estreptococo a febre passa ao fim de 3 a 5 dias. A cura pode ir até aos 10 a 12 dias (com antibiótico), mas o regresso das amígdalas e gânglios ao seu aspecto e tamanho normais pode demorar semanas.

O risco de contágio é elevado e geralmente faz-se por contacto com os fluidos nasais ou da garganta de uma pessoa infectada.