O intestino é também habitado por milhões de bactérias que podem influenciar a saúde no geral e a saúde do cérebro, podendo afetar a capacidade cognitiva e emocional. O stress está associado a mudanças nas bactérias intestinais que, por sua vez, podem influenciar o humor. Assim, os nervos e bactérias do intestino influenciam o cérebro e vice-versa.

O stress na infância pode alterar o desenvolvimento do sistema nervoso e a forma como o corpo reage ao stress. Essas mudanças podem aumentar o risco de doenças ou disfunções intestinais.

Esófago

Em situações de stress, as pessoas podem ter a tendência de comer em excesso ou perder o apetite, ingerir alimentos diferentes do habitual ou abusar no uso de álcool ou tabaco, o que pode resultar em azia ou refluxo. Stress ou exaustão podem também aumentar a gravidade da dor de azia que ocorre regularmente. Uma situação pontual de espasmos no esófago pode ser desencadeada por stress intenso e pode ser facilmente confundido com um ataque cardíaco. O stress pode também dificultar a deglutição dos alimentos ou aumentar a quantidade de ar engolida, o que aumenta os arrotos, gases e inchaço.

Estômago

O stress pode fazer com que a dor, o inchaço, a náusea e outros desconfortos estomacais sejam sentidos com mais facilidade. Pode ocorrer vómito se o stress for suficientemente grave. Além disso, o stress pode causar um aumento ou diminuição desnecessária do apetite. As dietas não saudáveis podem, por sua vez, deteriorar o humor da pessoa.

Ao contrário da crença popular, o stress não aumenta a produção de ácido no estômago, nem causa úlceras estomacais, que são geralmente causados por uma infeção bacteriana.

Intestino

O stress pode fazer com que a dor, o inchaço ou o desconforto sejam sentidos com mais facilidade nos intestinos. Pode também afetar a rapidez com que os alimentos se movem pelo corpo, o que pode causar diarreia ou constipação. Além disso, o stress pode induzir espasmos musculares no intestino, que podem ser dolorosos.

O stress pode afetar a digestão e os nutrientes que são absorvidos pelos intestinos. A flatulência relacionada à absorção de nutrientes pode aumentar. Os intestinos têm uma barreira rígida para proteger o corpo da maioria das bactérias relacionadas aos alimentos. O stress pode enfraquecer a barreira intestinal e permitir que as bactérias intestinais entrem no corpo. Embora muitas dessas bactérias sejam facilmente tratadas pelo sistema imunológico, a constante baixa necessidade de ação inflamatória pode levar a sintomas crónicos leves.

O stress afeta especialmente pessoas com doenças intestinais crónicas, como a doença inflamatória intestinal ou a síndrome do intestino irritável. Isso pode ser devido aos nervos intestinais serem mais sensíveis, mudanças no microbioma intestinal, mudanças na rapidez com que os alimentos se movem pelo intestino e/ou mudanças nas respostas imunológicas intestinais.